福建醫(yī)學(xué)院的前身是福建省立醫(yī)學(xué)專科學(xué)校。

       1937年6月創(chuàng)辦于福州市，同年10月，福建省立醫(yī)院劃為該校附屬醫(yī)院。

        民國27年6月，因抗日戰(zhàn)爭遷往閩北沙縣。同年8月，定名為福建省立醫(yī)學(xué)院，學(xué)制6年，畢業(yè)生授醫(yī)學(xué)士學(xué)位。

        抗日戰(zhàn)爭勝利后，學(xué)校遷回福州，在省立醫(yī)院和高級工業(yè)職業(yè)學(xué)校舊址（吉祥山）重建校舍，醫(yī)科學(xué)習(xí)年限為6年，醫(yī)學(xué)專修科為5年。當(dāng)時(shí)僅有基礎(chǔ)學(xué)科教師19人，兼職教師3人。

        解放前夕，基礎(chǔ)學(xué)科僅有專任教師15人。附屬醫(yī)院設(shè)病床30張，有臨床教師12人，在校學(xué)生294人。解放前畢業(yè)生共279人。

        1949年11月，福建省人民政府接辦福建省立醫(yī)學(xué)院，改為福建醫(yī)學(xué)院，學(xué)制5年。

       1951年，除原設(shè)的醫(yī)學(xué)本科專業(yè)外，增設(shè)醫(yī)學(xué)專科（3年制），還附設(shè)中級衛(wèi)生教育師資專修班。

        到1957年，該院建立基礎(chǔ)學(xué)科17個(gè)教研組，有基礎(chǔ)學(xué)科教師90人，能按教學(xué)大綱開出實(shí)驗(yàn)課，同時(shí)有一所300張病床的附屬合組醫(yī)院。

        1958年，該院從吉祥山遷到八一七中路西洋村新校舍，福州協(xié)和醫(yī)院劃為附屬醫(yī)院，還確定福建省立醫(yī)院、福建省婦幼保健院、福州神經(jīng)精神病防治院、福州結(jié)核病防治院、福州傳染病院5所為教學(xué)醫(yī)院，形成了一個(gè)教學(xué)、醫(yī)療、科研功能較為完整的高等醫(yī)學(xué)教育體系。

        1959年，為適應(yīng)衛(wèi)生預(yù)防工作的需要，增設(shè)衛(wèi)生系，招收一屆學(xué)生后，于1962年停止招生。還曾舉辦2年制衛(wèi)生干部專修科。

        1962年，廈門醫(yī)學(xué)院全部學(xué)生并入該院。

        到1965年，學(xué)校有教師282人，其中基礎(chǔ)學(xué)科教師171人，臨床學(xué)科教師111人，教師中有正副教授和正副主任醫(yī)師34人、講師和主治醫(yī)師85人，在校學(xué)生1332人。

        中華人民共和國成立后至1965年，共畢業(yè)學(xué)生3207人、副博士學(xué)位研究生2名。該院先后成立放射醫(yī)學(xué)、經(jīng)絡(luò)、腫瘤、蛇傷、寄生蟲病、創(chuàng)傷、高氣壓手術(shù)治療、血液病8個(gè)研究室（組），取得一定的科研成果，其中“高壓氧手術(shù)室的建造和臨床應(yīng)用”，開創(chuàng)了中國高壓氧醫(yī)學(xué)的臨床應(yīng)用和研究。

        “文化大革命”中，學(xué)校被迫停辦，院領(lǐng)導(dǎo)和一大批教職工被批判、斗爭，下放農(nóng)村，學(xué)校資產(chǎn)散失嚴(yán)重，停止招生達(dá)4年之久，兩所附屬醫(yī)院與學(xué)校“脫鉤”，分成8組，遷到閩西、閩北8個(gè)縣，破壞極其嚴(yán)重。

        1970年，福建醫(yī)學(xué)院奉命與福建中醫(yī)學(xué)院合并，遷到泉州華僑大學(xué)校址，華僑大學(xué)醫(yī)學(xué)系并入，改為福建醫(yī)科大學(xué)。

        1970年，開始招試點(diǎn)班學(xué)生（2年制）。

        1971年，籌建附屬第一醫(yī)院，秋季招收3年制醫(yī)學(xué)專業(yè)學(xué)生。

        1972年，設(shè)醫(yī)學(xué)、中醫(yī)兩系。

        1975年，在莆田、龍巖兩縣舉辦“社來社去”班，學(xué)制2年。

        1983年10月，原晉江地區(qū)第二醫(yī)院劃為附屬第二醫(yī)院。在此期間，還舉辦3期在職西醫(yī)學(xué)習(xí)中醫(yī)班和其他短期進(jìn)修班以及中級技術(shù)人員班；附設(shè)機(jī)構(gòu)有制藥廠、印刷廠。

        1977年秋，開始招收5年制本科學(xué)生。

        1978年6月，中共福建省委決定福建醫(yī)科大學(xué)遷回福州原址；同年11月，中醫(yī)系分出復(fù)辦福建中醫(yī)學(xué)院。

        1980年，復(fù)辦衛(wèi)生系。

        1982年6月，恢復(fù)附屬協(xié)和醫(yī)院隸屬關(guān)系。同年10月，福建醫(yī)科大學(xué)恢復(fù)福建醫(yī)學(xué)院原名。

       1984年，附屬第一醫(yī)院由泉州遷回福州，“福建醫(yī)學(xué)院附屬協(xié)和醫(yī)院”正式恢復(fù)。

        1996年4月，經(jīng)國家教委批準(zhǔn)，更名為福建醫(yī)科大學(xué)。相應(yīng)的附屬醫(yī)院亦更名。

        2003年，福建省人民政府確定為重點(diǎn)建設(shè)高校；同年以良好的成績通過了教育部本科教學(xué)工作水平評估。