常熟高等專科學校去主動適應本地區經濟以及社會發展所需，這是一種戰略性的選擇，在抓住機遇、加快發展并且打實基礎之際，要去申辦本科學院。學校規劃的“九五”適時提出，要憑借創造示范性高專以此提升學校辦學水平，依靠發展師范本科以此提高辦學層次，進而建成本科師范學院。

學校自1997年起，便和省教育主管部門以及地方政府一同開始探討學校多個途徑升格的方案，1997年3月12日，在黨委辦公會議上李椿書記傳達省教委關于學校升格的意見，省教委積極支持學校升為本科院校，當下的任務是練好內功，打好基礎，按照本科要求積極做好各方面準備工作，1998年2月省教委調整學校董事會，3月3日召開新一屆學校董事會，冒瑞林副主任指出，學校所在蘇南地區社會需求高，務必要提高層次。需秉持綜合性高校，做好非師范方面，與此同時師范也不可舍棄。1999年10月，新任的學校董事長、省教委副主任祭彥加于董事會上提出，倘若學校與蘇州大學聯合辦學，能夠作為蘇州大學的分校或者校區，不過也不排除學校將蘇州地區高等專科教育以及師范教育資源予以統籌考量、統一配置。到2002年初，全國高校大規模合并工作宣告結束。2月10日，教育部副部長章新勝前往常熟進行視察，在聽取了李椿書記關于學校發展情況的講解之后，表示國家有必要將技術學院妥善辦好，要求常熟市創辦一所工科大學。2月18日，蘇州市委陳德銘書記，在聽取了李椿書記以及許霆校長對學校發展情形進行交代匯報之后，提出了支持學校單獨去辦或者與國外學校聯合辦學的主張。

學校于2002年3月，在省教育主管部門以及地方各級政府給予的大力支持下常熟理工學院是一本還是二本，提出了獨立升本的申請。學校的定位是，依據施教區經濟建設對于本科應用人才培養存在的迫切需求，以及教育現代化對于本科教師教育人才培養存在的迫切需求，立足蘇南，面向全省，建設一所多科性本科院校，該院校以理工為主，伴有應用技術和教師教育為特色，貼近地方，服務地方，與本地區高度發達的區域經濟和社會事業互動發展。學校給出了申本對策，這個對策是通過調整來促進發展，憑借服務地方去謀求支持：其一，確立三種意識，其中一種是創新意識，是要有更新教育理念，進而形成學校發展規劃；其二，是特色意識，要與其他高校進行錯位發展，去建設特色專業、品牌專業以及優勢專業，還要探索新的人才培養模式，打造有特色的校風；其三，是經營意識，需充分利用好內外資源，發揮自身所具備的潛能，去尋求共建合作、校地合作、校企合作、校校合作、國際合作，走出一條多層次、多元化的辦學新路徑。其二，為結構調整。規模被控制的傳統專業（理科、人文），層次得以提高，品牌被創建，全校都受到其輻射影響；規模要擴大的應用專業，提高層次的同時，構建全新辦學模式，進行錯位發展。③在社區教育大背景之下成教得以發展。該發展與我國正加快建設中嚴格的勞動準入制度以及職業資格制度相適應，與本地區正積極推進的學習型社會建設和終身教育示范區建設相適應。④作為全校師生關注焦點、各項工作凝聚點的是提高教育質量。將質量標準建立為以學生為本、由社會檢驗，著重從生源狀況、就業情形、考研成果、學生評價以及社會評價等這些硬指標層面來構建人才培養質量評價標準。學校給出發展規模，“十五”末期，全日制在校學生約 8000 人，成教約 2500 人；“十一五”末期也就是到 2010 年時，全日制在校學生達 15000 人（含二級學院），成教約 5000 人。3 月 18 日，常熟市政府向省教育廳發送《關于把常熟高等專科學校自主設置為本科院校的情況報告》。4月16日，李椿書記向省教育廳王斌泰廳長匯報工作，許霆校長也向省教育廳祭彥加副廳長匯報工作，王斌泰廳長表示，常熟高等專科學校可以在做好調研工作基礎上申報自主設置為本科院校。4月18日，李椿書記、許霆校長和常熟市委戈炳根副書記到北京中央黨校物業經理人，向主管教育的江蘇省副省長匯報學校單獨升本的理由，4月19日，他們又向主管教育的江蘇省副省長匯報學校已具備的條件，主管副省長表示同意學校單獨升本。5月20日，李椿書記在應邀參加南京大學100周年校慶之際，向到會的教育部長陳至立表達了學校自主升本的請求，陳至立部長應允學校先行申請，待調研之后再做決定。經由省教育廳聯絡，5月22日，教育部發展規劃司牟陽春司長前來學校視察，對學校辦學予以高度評價，同時還指明學校不可一校兩區，校園必得整合，要一校一址。于是乎，學校做出了擴大征地建設東湖校區的決定。6月13日，江蘇省的副省長，同時也是蘇州市委主要領導前來學校進行視察，針對學校的校園環境建設，校園綠化以及新區建設等方面給予了高度評價，表明學校在近些年發展得相當不錯，學校所秉持的發展思路十分正確，契合全省以及蘇州市高等教育的相關發展規劃；此學校位于蘇南高新產業區，在升本之后被定名為常熟理工學院，對于錫山、江陰、張家港等周邊地區開展本科層次高等高職技術教育起到了立交橋的作用；學校需要建設得既好又大，進而發展成為萬人規模的大學。江蘇省副省長，蘇州市委主要領導，對學校東湖校區的地理位置頗感興趣，9月4日，江蘇省教育廳與常熟市人民政府，就常熟高等專科學校申辦本科事宜進行協商，會議由省教育廳副廳長、學校董事長祭彥加主持，通過了江蘇省教育廳與常熟市人民政府，就常熟高專申辦本科事宜的《會議紀要》，同意學校升為本科學院，定名常熟理工學院。9月5日，受江蘇省教育廳委托，由原省教委副主任冒瑞林、省教育廳發展規劃處處長朱衛國、原省教育廳高教辦主任邱坤榮3人組成專家組，對學校展開考察，聽取許霆校長關于學校申本情況的介紹，察看校區及新校區規劃，查閱申報材料，觀看實驗室、教學設施，之后于9月6日同意學校升為本科學院，定名常熟理工學院。9月16日，蘇州市人民政府向江蘇省人民政府遞交了《關于要求將常熟高等專科學校自主設置為本科學院的請示》。呈請，9月25日，江蘇省教育廳向江蘇省人民政府遞送了《關于在常熟高等專科學校根基之上構建常熟理工學院的請示》。隨后，9月28日，江蘇省人民政府朝著教育部發送出《關于請予同意構建常熟理工學院的函》。緊接著，11月1日，江蘇省發展計劃委員會與江蘇省教育廳協同下達《關于常熟高專東湖校區擴建可行性報告的批復》（蘇計社發1247號），準予學校于東湖校區西南側征收727畝土地用以校區擴建。

2003年1月24日，教育部發展規劃司，向江蘇省教育廳發出通知，發出關于同意籌建常熟理工學院的通知，該通知同意了江蘇省人民政府的請示，江蘇省人民政府請示的是關于常熟高等專科學校申辦本科學院的事，在此基礎上，即在常熟高等專科學校的基礎上，籌建常熟理工學院。3月4日，江蘇省教育廳發出了一則《關于籌建常熟理工學院的通知》，其中提到，你校以及蘇州市、常熟市人民政府，關于在常熟高等專科學校的基礎上建立常熟理工學院的請示，已經被收到，經過研究，并且報給省人民政府、教育部批準，最終同意在常熟高等專科學校的基礎上籌建常熟理工學院。而正式建立常熟理工學院，要等到條件具備之后，提交給全國高等學校設置評議委員會討論評議，之后由教育部批準。望貴校于地方政府以及相關部門的關懷、扶持之下，進一步達成思想統一，振作精神，凝聚一心，趕忙做好籌備常熟理工學院的各項事務，加速學校的整體規劃與建設，尤其要強化師資團隊以及專業學科建設，盡快令學校的辦學條件、辦學水準以及整體實力契合本科高校的標準與要求，從而早日獲批正式設立常熟理工學院。3月6日，學校舉辦了常熟理工學院（籌）揭牌儀式，江蘇省人民政府副秘書長朱步樓、省財政廳副廳長張美芳、省教育廳副廳長祭彥加以及常熟市委書記楊升華共同為常熟理工學院（籌）揭牌。3月6日，學校還召開了董事會議，由祭彥加董事長主持該會議，要求學校依據董事會議精神來確定學校發展思路，制訂發展規劃，借著常熟理工學院籌建掛牌這個契機，加速做好校園、專業學科、師資隊伍建設的整體規劃與建設，既要具備長遠規劃，又要落實好階段性工作。現如今，應當把以升本作為核心要點，使得思想達成統一，將人力、物力予以集中，持續秉持改革、創新作為理念，把各項工作妥善完成，面臨困境全力以赴，保證能夠一次性成功通過升本。

在籌建常熟理工學院這個進程之中，學校獲得了地方所給予的極為有力的支持以及幫助，6月4日的時候，蘇州市副市長朱永新等人來到學校，針對蘇州市人大176號重點議案，也就是《關于加強常熟高等專科學校升本及加快發展的議案》，展開現場辦公，6月16日，蘇州市教育局發布了《關于市十三屆人大一次會議第176號建議的答復》，文號為蘇教辦〔2003〕128號，內容是：“蘇州市政府會與江蘇省教育廳簽訂協議，共同建設常熟理工學院，達成優勢互補，一同發展。”。7月9日，蘇州市政協主席馮瑞渡等一眾領導前往學校進行視察，聽取了關于學校籌建情況的匯報。8月31日，常熟市委書記楊升華于學校東湖校區召開現場辦公會，要求常熟市相關部門去解決東湖校區擴建工程中高壓線搬遷以及煤石加油站搬遷等問題，以此確保學校一期工程建筑能夠在2004年8月投入使用。9月28日，蘇州市人大常委會主任周福元等對學校展開視察，期望學校借助籌建這個契機，明確自身目標，打造出特色，發揮其優勢，拓展出空間，從而為地方培育高級應用型人才。在10月18日這一天，學校舉辦了常熟理工學院（籌）校區擴建工程的奠基儀式，江蘇省委副書記是馮敏剛，蘇州市委有主要領導，江蘇省教育廳副廳長叫祭彥加，蘇州市政府存在主要領導，蘇州市人大常委會主任為周福元，蘇州市政協主席乃馮瑞渡，蘇州市委常委即市委秘書長是徐國強，蘇州市副市名叫江浩，常熟市委書記是楊升華，常熟市人大常委會主任為唐偉萱，常熟市政協主席為王偉民等等這些領導一同為該工程進行奠基。

2003年，學校依據教育部發展規劃司的要求，制訂了6個規劃 ，其中，《常熟理工學院2003 - 2007年發展綱要》明確了學校辦學定位以及今后5年的發展目標、任務與思路 ，《常熟理工學院籌建工作要點》明確了籌建工作的目標以及宣傳工作、制訂規劃、社會工作、新區建設、校風建設、迎評工作等6個方面任務 ，《校園建設規劃》明確了校園擴建規劃、實施計劃、第一期和第二期工程建筑安排以及經費籌措 ，《學科專業建設規劃》按照理工學院發展要求，為適應本地區產業結構的調整以及發展高新產業的需要，加強了學科建設并逐步調整專業 ，《師資隊伍建設規劃》明確了指導思想、發展思路、主要目標、重點工作以及主要措施等 ，《科研科技工作規劃》明確了指導思想、基本原則、工作任務以及保障措施等。這6個規劃，對于籌建工作而言，有著指導意義，對于常熟理工學院往后的持續發展來說，同樣有著指導意義。

與此同時，學校召開了5個工作會議，其中，1月10日，學校召開了二屆四次教代會這項會議，該會議不但就“十五”前期工作予以總結，對“十五”后期工作進行部署，還通報了升本工作并展開動員，在學校結構調整、專業建設、教學工作、隊伍和科技工作、文明建設以及管理改革等方面初步形成了工作思路；5月28日召開了教學工作之會議，于上述會議里，修訂了像那種《教師教學工作規范》、《關于教師教學質量評估辦法》、含有《教學事故認定和處理辦法》的、《教學優秀獎評獎條例》、《課程改革和建設的若干意見》、《教學儀器設備管理辦法》、《材料等低值品易耗品管理辦法》這樣的教學工作制度；7月18日的時候，召開了專業建設指導委員會會議，在這個會議中研討了學校《2003 - 2007年學科專業建設規劃》的草案，還針對2003 - 2004學年教學計劃進行了論證；11月5日，召開了科研工作會議，該會議制訂了一大批科研工作文件，有《進一步加強科研工作的若干意見》、《科研成果評獎條例》、《科研獎勵條例》、《科研工作量的管理辦法》如此種種地，《縱向科研項目管理辦法》、《橫向科研項目管理辦法》等；12月10日，召開了師資工作會議，在會議上制訂印發了《2003 - 2007年師資隊伍建設的規劃》，以及《文件教師職業道德行為規范》、《教師所需要的教書育人常規定要求》、《教職工進修需依據執行的管理暫行規定》、《關于選拔校級中青年學術帶頭人培養對象的暫行辦法》、《關于遴選學術帶頭人暫行辦法》等師資隊伍建設文件。那5個工作會議得以表明，學校對于建設常熟理工學院，已就辦好具備自身特色的本科學校，形成了整體辦學思路，還形成了辦學理念，并且形成了建設規劃。

校園于2004年寒假時段，竭盡所能去做迎接教育部專家組前來學校評估考察的準備事宜。在1月31日，校園組建迎評工作小組，擬定工作方案，清晰劃分分工，讓責任落實到個人。至于2月6日，黨委舉辦中層干部會議，排布迎評工作。到了2月9日新學期開學之際，校園召開教師大會展開動員。

2004年2月15日，受教育部委派，專家組來學校考察升本籌建工作，該專家組由原國家教委高教一司司長夏自強組成，2月16日，專家組繼續考察，其成員包括教育部原計劃建設司副司長李仁和，2月17日，專家組的考察仍在繼續，成員還有教育部原高教司副司長朱傳禮、原河南省教育廳廳長王日新、浙江工業大學原校長吳添祖、華東師范大學規劃辦主任唐安國、教育部發展規劃司院校處調研員王雪濤等。16日，學校舉辦了常熟理工學院籌建情況匯報會，由江蘇省教育廳副廳長祭彥加主持該匯報會，校長許霆針對學校籌建常熟理工學院的情況向專家組作了匯報，說明了學校申辦本科學院的理由，還講述了建立本科學院的實施方案。另外常熟理工學院是一本還是二本，專家組觀看了電視片，審閱了申本材料，實地考察了東湖校區的基建情況，對學校的圖書資料、實驗設施、教學設施、教學管理、學校辦學成果、學生綜合素質等方面進行了詳細考察。17日，有一個專家組，這個專家組召開了一場交換意見的會議，在會議里，專家組對學校籌建常熟理工學院的工作給予了充分肯定，并且表示支持學校去申辦本科。

，2004年5月12日，教育部向江蘇省人民政府發文，即《教育部關于〈同意建立常熟理工學院的通知〉》（教發函〔2004〕1019）。其內容表明，依據《普通高等學校設置暫行條例》以及全國高等學校設置評議委員會的評議結果，還有《關于同意籌建常熟理工學院的通知》。經過研究之后，做出決定，同意在常熟高等專科學校的基礎之上構建常熟理工學院。并且同時，撤銷常熟高等專科學校的建制。